Die Europaministerkonferenz (Beschluss zur Errichtung der EMK von 1992) ersetzt die 1990 von der Ministerpräsidentenkonferenz (MPK) geschaffene „Europa-Kommission“, deren Aufgabe bereits die Wahrung der Länderinteressen im europäischen Integrationsprozess und die Vorbereitung der Beschlüsse der MPK war.
 
Auf der 41. Sitzung der Europaministerkonferenz im Oktober 2005 wurden die „Grundsätze und Verfahren für die Zusammenarbeit der Länder im Rahmen der Europaministerkonferenz“ offiziell in einem Beschluss festgehalten. Dabei wurden insbesondere die Aufgaben der Europaministerkonferenz sowie die Verfahren zur Beschlussfassung verschriftlicht: Die Europaminister streben bei der Wahrnehmung ihrer Aufgaben grundsätzlich Einvernehmen an. Bei Abstimmungen verfügt jedes Land über eine Stimme. Entscheidungen über Angelegenheiten mit Auswirkungen auf die Haushalte der Länder und ihre Einrichtungen sowie Entscheidungen über die Arbeitsweise der Europaministerkonferenz können nur einstimmig, andere Entscheidungen mit einer Mehrheit von 13 Stimmen getroffen werden. Ein Land, welches eine andere Meinung als die Mehrheit der Länder vertritt, die Beschlussfassung aber nicht verhindern will, kann Erklärungen zu Protokoll geben.
 
Die Zusammenarbeit zwischen Bund und Ländern wurde nach dem Vertrag von Maastricht 1992 neu gestaltet und schließlich im sogenannten „Europaartikel“, Artikel 23 Grundgesetz als grundlegenden Rechtsrahmen geregelt. Dieser besagt, dass die deutschen Länder in Angelegenheiten der Europäischen Union über den Bundesrat an der Willensbildung des Bundes zu beteiligen sind, soweit diese an einer entsprechenden innerstaatlichen Maßnahme mitzuwirken hätten. Mitwirkungsrechte stehen den Bundesländern auch bei Änderungen der vertraglichen Grundlage der Europäischen Union, der Erarbeitung und Verabschiedung von europäischen Rechtsakten und bei der Wahrung des Subsidiaritätsprinzips zu.
 
Diese Rechtsgrundlage gemäß Artikel 23 Grundgesetz wird durch verschiedene Gesetze und Vereinbarungen zwischen Bund und Ländern konkretisiert. Neben den Unterrichtungspflichten der Bundesregierung und dem Recht des Bundesrats auf Stellungnahme zu EU-Vorhaben gibt es Abstimmungsverfahren zwischen Bund und Ländern, in denen Verhandlungspositionen gegenüber den europäischen Institutionen festgelegt werden. Im Weiteren regelt eine Bund-Länder-Vereinbarung sowie das Gesetz über die Zusammenarbeit von Bund und Ländern in Angelegenheiten der Europäischen Union (EUZBLG) die Befugnisse der Länder.
 
Mit seinem Urteil zum Lissabonner Vertrag vom 30. Juni 2009 verlangt das Bundesverfassungsgericht bei Rechtsetzungs- und Vertragsänderungsverfahren hinreichende Beteiligungsrechte des Bundestages und - je nach Politikfeld - auch des Bundesrates. Das Gesetz über die Wahrnehmung der Integrationsverantwortung des Bundestages und des Bundesrates in Angelegenheiten der Europäischen Union, kurz Integrationsverantwortungsgesetz (IntVG), setzt die Vorgaben des Bundesverfassungsgerichts um und regelt die Beteiligung und Zustimmungspflicht von Bundestag und Bundesrat hinsichtlich den verschiedenen im Vertrag von Lissabon vorgesehenen vereinfachten Änderungen der EU-Verträge. Unter anderem ist hier das einfache Vertragsänderungsverfahren (Art. 48 Abs. 6 EUV) und die allgemeine Brückenklausel zur Änderung des Gesetzgebungsverfahrens in festgelegten Politikbereichen nach Art. 48 Abs. 7 EUV zu finden.
 
Weiter werden durch das Urteil des Bundesverfassungsgerichts die Verfahren zur Verabschiedung einer Subsidiaritätsrüge des deutschen Parlaments und zur Erhebung einer Subsidiaritätsklage vor dem Europäischen Gerichtshof definiert und damit die im Lissabonner Vertrag reformierten Kontrollrechte der nationalen Parlamente im europäischen Politikprozess gestärkt (Art. 12 EUV).